一种提取生物活性物质的仪器，包括，机架；工作台；移液总成，该移液总成包括第一安装板、用于带动第一安装板沿机架的高度方向运动的第一驱动单元、连接在第一安装板上的移液管、插装在移液管内并与移液管的内壁密闭配合的活塞杆、以及用于带动活塞杆相对于移液管上下运动的第一驱动组件；分离总成，该分离总成包括第二安装板、用于带动第二安装板沿机架的高度方向运动的第二驱动单元、固定在第二安装板上的套管、磁力棒以及用于带动磁力棒相对于套管上下运动的第二驱动组件，套管的上端部开口、下端部为盲端，磁力棒以间隙配合的方式由套管的上端部开口插入套管中。本发明提高了生物活性物质提取的效率，且提取后的样品具有较高的纯度。