本发明公开了一种薄壳山核桃MADS?box类转录因子CiAG及其编码基因与应用。该薄壳山核桃MADS?box类转录因子CiAG，是具有序列表中的SEQ ID NO.2所述氨基酸序列的蛋白质，其编码基因为CiAG基因SEQ ID NO.1的DNA序列。薄壳山核桃MADS?box类转录因子CiAG基因可用于培育早花、矮化植物品种。CiAG为特异表达基因，其表达模式与组织以及植株的发育阶段相关。过量表达CiAG的转基因拟南芥与对照组相比，开花比野生型植株早，在四片基生叶出现时已经开花，并且植株表现出矮化的特性，说明CiAG可以控制植物的成花转变，影响植物的花期和营养生长，进而调控植物的生殖生长。