本发明公开了一种基于辐照试验星载应答机平均无故障时间评估方法及系统，所述方法包括以下步骤：（1）根据设置在卫星内的星载应答机的运行轨道空间环境选择辐照试验的粒子种类（；2）发射所选定粒子的粒子束，并且启动计时器，以实时监测一遥控功能模块、一遥测功能模块和一测距功能模块；（3）当监测到所述遥控功能模块、遥测功能模块和测距功能模块中任意一模块的输出信息与设定的误码信息匹配时，则停止计时器，并停止发射粒子束；（4）计算粒子注量和功能翻转率，以获得比率信息；（5）根据所述比率信息和所述星载应答机在相应轨道空间环境中的位翻转率信息，计算平均无故障时间。