本发明涉及空调控制系统及其控制方法。本发明针对现有技术中空调的运行状态调整不够智能的问题，提供一种空调控制系统，包括探测模块、数据采集模块、处理模块、存储模块、学习模块及控制模块，所述数据采集模块分别与存储模块及处理模块连接，所述处理模块分别与学习模块、探测模块及控制模块连接，所述学习模块与存储模块连接，所述存储模块分别与数据采集模块及探测模块连接。通过对用户的生理状态信息及空调运行信息进行聚类分析学习，得出用户的生理状态与空调运行状态的对应信息。空调控制系统根据实时用户的生理状态及实时空调运行状态依据用户的生理状态与空调运行状态的对应信息控制空调。适用于空调控制系统。