本发明公开了一种自动变量喷药系统及其控制方法，包括行动小车以及安装在行动小车上的药箱和变频泵，所述药箱通过送药管道与变频泵的进口相连，变频泵的出口通过送药主管与N条送药支管相连，在每条送药支管的端头安装有喷头，所述变频泵输出的药液还通过回流管送回所述药箱中，该回流管上设置有第一流量阀，在回流管与送药支管之间的送药主管上还设置有流量传感器和压力传感器，在每条送药支管上设置有第二流量阀。其显著效果是：能够根据获取的农田害虫的小面积差异信息,采用变量施药技术按需喷药，对喷药量进行精准控制，不会造成农药的浪费，避免污染环境，且本系统喷药均匀、雾化效果好。