本发明提供了一种聚合物整体柱及其制备方法与应用。本发明提供的聚合物整体柱的制备方法，包括如下步骤：(1)在搅拌条件下，将引发剂水溶液滴加至单体、交联剂和乳化剂的混合物中，形成胶冻状乳液；所述单体为甲基丙烯酸缩水甘油酯；所述引发剂为过硫酸铵；所述乳化剂为聚氧乙烯-聚氧丙烯-聚氧乙烯三嵌段共聚物；所述交联剂为乙二醇二甲基丙烯酸酯；(2)在色谱管中，向所述胶冻状乳液中加入催化剂，经冻结后，在-20℃条件下进行聚合即得；所述催化剂为N,N,N',N'-四甲基乙二胺。本发明操作简单，可快速对流传质，制备的整体材料易于修饰，可应用于不同色谱分离模式；采用冻干凝胶技术，制备的整体柱具有多级孔径结构和优异的渗透性，有利于疏水性小分子的分离。