本发明公开了一种工程菌及制备(3R，5S)6-氯-3，5-二羟基己酸叔丁酯的方法，该工程菌包含醇脱氢酶基因、葡萄糖脱氢酶基因、羰基还原酶基因；该方法包括培养工程菌并诱导酶类表达，离心取细胞，用缓冲液重悬，获得静息细胞悬液；往静息细胞悬液中添加6-氯-3，5-二羰基己酸叔丁酯、葡萄糖和异丙醇进行反应，反应完成后，从反应液中分离纯化得到(3R，5S)6-氯-3，5-二羟基己酸叔丁酯。本发明实现从6-氯-3，5-二羰基己酸叔丁酯到(3R，5S)6-氯-3，5-二羟基己酸叔丁酯的一步化生产，简化了(3R，5S)6-氯-3，5-二羟基己酸叔丁酯的工艺，避免了额外辅酶的添加，降低了生产成本。