本发明涉及一种管道堵塞监测系统及其在强干扰下堵塞信号的检测方法，该系统包括一设置在管道首站/末站的低频音波发射装置，一设置在管道首站/末站的传感器阵列，一输入端与传感器阵列连接的数据采集及预处理装置，一与数据采集及预处理装置的另一输入端连接的GPS接收装置，一与数据采集及预处理装置的输出端连接的堵塞监测定位装置，以及一与堵塞监测定位装置的输出端连接的监控终端。本发明通过测量发射音波和反射音波的时间延迟，并结合管道内声速，可精确计算出管道内堵塞点的位置，具有定位精度高，抗干扰能力强，对管道无破坏性，误报率低，漏检率低，具有良好的容错性等优点；特别当堵塞面积小或干扰较强时，检测及定位能力比单传感器方法具有较大提升。本发明可以广泛应用于各种领域的管道监测中。