本发明公开了一种强乳化性微生物清防蜡菌剂及其应用，属于油田化学技术领域。该清防蜡菌剂主要包括铜绿假单胞菌和地表地芽孢杆菌，具有较强的乳化能力，能分散原油，促进原油流动，改变井壁粘附功，阻止蜡晶在井壁的堆积，起到防蜡、清蜡的作用。采油过程中通过增大菌液初次使用量和延长关井时间，能使细菌更易在井壁附着形成稳定的防蜡区，并清理近井地层，提高防蜡、增油效果。经现场实施后，试验井半年内均未进行洗井和化学防蜡作业，表明清防蜡菌剂能在井筒中发挥较好的防蜡作用。试验井日产油量增长30％左右，泵效提高近10个百分点，产出液表面张力下降20～25％，原油凝点下降1～3℃。