本发明提供一种光电跟踪仪自动跟踪状态下的单杆补偿方法，首先采集单杆数据X0；其次X0进行死区处理，输出X1；再对X1进行归一化处理，输出X2；对X2进行一阶低通滤波处理，输出X3；对X3进行二次函数运算，输出X4；对X4进行限幅处理，输出X5；将图像处理系统运算后的误差e加上综合补偿数据X5得到综合误差信号err，并将err加入伺服系统位置环校正环节进行补偿。本发明通过单杆完成对跟踪误差的补偿或者对光轴指向的偏移，从而提高光电跟踪仪的跟踪精度或者指向需要的瞄准点。