本发明提供一种使用微生物燃料电池进行水质生物毒性监测的设备及方法，包括：培养液箱、蒸馏水箱、水样过滤器、第一检测通道、第二检测通道以及信号处理及显示电路；第一检测通道包括第一切换阀、第一水样泵、第一培养液泵、第一混合泵、第一微生物燃料电池和第一前置放大电路；第二检测通道包括第二切换阀、第二水样泵、第二培养液泵、第二混合泵、第二微生物燃料电池和第二前置放大电路；具有以下优点：实现了能够连续在线监测的基于微生物燃料电池的水质生物毒性监测，且仪器具有较高的灵敏度和工作稳定可靠性，避免误报警。具有使用维护方便和寿命长的优点。