本发明公开一种基于心率变异性分析方法的抑郁症的评估系统及方法，尤指一种围产期抑郁症评估系统及方法，包括以下模块：数据保存模块用于保存心电和脉搏波信号；峰值检测模块获取记录数据的峰值点序列；数据校正模块得到窦性心搏NN间期序列；获取心率变异性曲线模块得到心率变异性曲线；HRV分析模块包括时域分析、频域分析和非线性分析；选择特征参数模块从HRV参数中选出特征参数；模型建立模块得到围产期抑郁症分类模型；模型应用模块是将测试者的数据输入分类模型，得到抑郁等级。本发明实现了围产期抑郁程度量化评估，丰富了抑郁症基于生理信息检查技术领域的科学研究方法，测试简便易行，能有效节省医疗资源，有很好的临床实用性。