本发明提供一种自适应变形倒虹吸，包括：沿河底断面铺设的柔性输水管，以及设置在柔性输水管上的变形补偿器和管道接长段；柔性输水管的一端连接进水渠末端的进水池，另一端连接出水渠首端的出水池，柔性输水管的一端设置有进水控制阀，另一端设置有出水控制阀；柔性输水管上设置有固定镇墩和装配式镇墩，固定镇墩用于固定水上部分的柔性输水管，装配式镇墩用于固定水下部分的柔性输水管。本发明提供的自适应变形倒虹吸，可以重新衔接被截断的灌渠，并且能够保证其在后续的持续变形过程中不再被损坏，解决了采动区沉陷盆地影响跨河沟输水建筑物的结构安全问题，其结构简单、安装维护方便，可广泛应用于采动区渠系建设及修复工程。