本发明公开了一种蚕丝或其织物的红曲霉菌染色方法，将红曲霉菌转移至培养液中，28~30℃扩大培养18~24小时，得到红曲霉菌扩大培养液；加入媒染剂，得到染色液，媒染剂包含重量百分比为20%~30%的三氧化二镧和45%~55%的二氧化铈，浓度为0.2~1.2g/L，向所述染色液内加入灭菌的蚕丝织物，使其与扩大培养后的红曲霉菌接触，再以150~180rpm的转速于28~30℃继续培养，直至染色完全，浴比为1:15~25，染浴pH为3~6，染色时间为18~30小时。本发明采用低温染色技术，能够使红曲霉菌持续分化繁殖并不断分泌红色素，提高上染率、色牢度，同时实现工业废物的零排放，节能环保效果显著。