本发明公开了一种水质检测管路系统及其检测方法，其包括多通道阀，多通道阀的一通道连接样品，另一通道连接反应池，至少一个通道连接一试剂，一定量取样装置的一端连接载液，定量取样装置的另一端连接一多通道阀的通道，定量取样装置的输入端和输出端可互换，反应池处设置有检测所述反应池内反应液体成分的检测装置。本发明将一个通道与大气连接，通过流程控制使管路内特定的时间内进入少量的空气，即不影响定量，又能将产生交叉污染的两段液体分开，大大降低了测试过程中试剂消耗量，从根本上解决了试剂之间的交叉污染影响测量的问题。排废方式选择了气泵与三通阀配合，不经过多通道电磁阀直接排走，将废液产生的交叉污染的问题也彻底解决。