一种原位修复污染水体和底泥的微生物电化学装置及原位修复污染水体和底泥的方法，它涉及一种微生物电化学装置及原位修复污染水体和底泥的方法。本发明的目的是为了解决现有生物燃料电池修复河道及湖泊污染水体和底泥繁琐，成本高和维护费用高的问题。装置包括阴极、阳极、第一导线、第二导线、充放电装置。方法：将一种原位修复污染水体和底泥的微生物电化学装置的阳极置于受污染底泥中，阴极置于受污染底泥上层污染水体中，使用第一导线和第二导线将阴极和阳极分别与充放电装置的负极和正极相连接，运行时间为18d，得到去除污染物的水体和去除污染物的底泥。本发明可用于原位修复污染水体和底泥。