一种单波束测深仪水深粗差检测修正方法，包括输入原始的水深采集点序列数据，利用水深值进行阈值判定，将水深采集点序列分割成多个地形链；对各地形链的权值进行判断，标记为P=0或2，对地形链权值P=0的地形链中水深采集点进行修复，修复完成后标记地形链的权P=1。本发明针对原始水深值粗差处理问题，创新性地提出地形链的概念，设计了一种新的针对单波束测深仪水深观测值的粗差检测与修正方案，针对长江流域的单波束测深数据处理表明，对各类粗差有明显的检测和修正效果。