本发明涉及构造成即使在必须更换过滤器时也能向运行中的燃烧发动机提供清洁燃料的过滤系统。所述过滤系统(5)可构造成与用于储存被污染的燃料的主燃料箱(10)连接并且与发电厂或大型运输工具的燃烧发动机的燃料供给源连接。过滤回路(16)可包括至少一个过滤器(30，35)、用于容纳燃料的第一辅助燃料箱(15)和构造成将燃料从所述第一辅助燃料箱(15)中泵出并经所述过滤回路(16)泵送返回至所述第一辅助燃料箱(15)的第一燃料泵(40)。第二辅助燃料箱(20)可连接到所述第一辅助燃料箱(15)，以经由输送阀(135)从所述第一辅助燃料箱(15)接收燃料。控制单元(132)可构造成控制所述输送阀(135)使得所述第一辅助箱(15)仅在所述第一辅助箱(20)中容纳的燃料具有期望的污染水平时才与所述第二辅助燃料箱(16)流体地连接。