本发明公开了一种过滤纳米乳液的往复式过滤器及其使用方法。普通的过滤方式，纳米乳液容易在过滤介质的表面形成膜，导致过滤通量极小甚至没有，过滤效率极低。本发明的过滤器包括本体、与本体顶端密封连接的密封盖和置于本体内腔中的过滤芯，本体下部的侧壁上连接一进料管，其特征在于，所述的密封盖上密封连接一竖向设置的支撑管，该支撑管与本体的内腔相通，支撑管的上部密封连接一气缸，该气缸的驱动端连接一气动杆；所述支撑管的侧壁上密封连接一横向设置的出料管，出料管的外端接一气动隔膜泵。本发明能有效将纳米乳液合成过程中产生的微米级凝胶颗粒过滤掉，可达到连续过滤的目的，过滤效率高且过滤效果好。