本发明公开了一种用于减少菜田土壤氮磷渗漏的中草药渣有机复合肥料及其制备方法，所述的菜田为灰沙田或灰泥田，该有机复合肥分为基肥和追肥两部分，各100份；基肥和追肥都为颗粒状，分为内层和外层结构，其中这些肥料外层都为中草药渣有机肥，内层由中草药渣有机肥和单质化学肥组成，所述的颗粒内径为1.0～2.0mm，内外径总计2.5～4.0mm。采用二步法高温恒温堆肥工艺生产中草药渣有机肥，污泥、中草药渣的配比在15:5(w/w)时，腐熟时间7天、翻料次数5次，GI(％)、H2O(％)就达到81、29；并在这基础上生产灰沙田和灰泥田土壤类型的菜田专用降污复合肥。该复合肥可增产，以及控制氮磷面源污染。