本发明提供一种从混合精斑中获得单个个体的常染色体STR基因座分型结果的方法和系统，所述方法包括：获得差异Y-STR基因座；获得足够量的Y型精子细胞的常染色体STR基因座单倍型分型结果，将所述差异Y-STR基因座分型结果相同的Y型精子细胞的常染色体STR基因座单倍型分型结果进行合并，即得到混合精斑中单个个体的常染色体STR分型结果。本发明还提供了一种从混合精斑中获得单个个体的常染色体STR基因座分型结果的系统。本发明的方案通过综合分析常染色体STR和Y-STR分型结果能有效获得混合精斑中单个个体的分型结果，进而为公安机关迅速确定犯罪嫌疑人提供有力的技术支撑。