发明涉及一种傅立叶红外法测定微藻生物大分子含量的方法；从自然水体采集纯培养的藻株，培养到OD680达到1.0，将藻液离心，去清液，浓缩加入丙三醇；采用FTIR ReactIRTM45m傅立叶红外光谱仪对待测样品进行1000-3000cm-1的连续检测分析；FT-IR检测本底：利用软件iC QuantTM对结果进行统计分析的生物大分子的实际含量；将测定结果代入公式计算油脂AL、蛋白质Ap与碳本水化合物Ac的生物大分子的含量TL(mg)、TP(mg)、TC(mg)；本方法可以对细胞无伤害的同时快速检测出微藻油脂含量，蛋白质和碳水化合物的含量。