本发明公开了一种核电站发变组继电保护整定值的处理方法和系统，该处理方法包括以下步骤：S1、采集发变组的发电机的主变零序差动斜率的第一初始整定值以及差动保护二次谐波交叉闭锁时间的第二初始整定值；S2、检测主变零序差动保护开关的动作时间T1；当T1大于预定值T时，对所述第一初始整定值进行优化，使得测试主变零序差动保护开关的动作时间T1小于所述预定值T；检测发电机的三相二次谐波衰减的时间常数是否相同；当三相二次谐波衰减的时间常数不相同时，对第二初始整定值进行优化，使得所述三相二次谐波衰减的时间常数相同；S3：将经过优化的初始整定值发送给所述发变组的控制系统。实施本发明具有提高发变组的稳定性和安全性的有益效果。