本申请公开了一种逆变器并联系统及其控制方法，所述逆变器并联系统，包括集中控制器、多个逆变器，其中，所述多个逆变器具有不同直流端，交流端则并联作为系统输出端；所述集中控制器与各逆变器的控制模块相连；所述逆变器并联系统采用间接式集中控制方式，集中控制器产生同步信号，各逆变器的控制模块则利用通讯量和均流控制器实现基于pqr坐标变换的均流控制。与现有的间接式集中控制方式相比，省去了锁相环，从而避免了各逆变器锁相环差异引入的均流误差，且本申请所用控制策略对三相四线制并联系统带不平衡负载具有很好的均流效果。