本发明公开了一种含有两性离子基团的聚酯二元醇及其制备方法。首先利用N-甲基二乙醇胺和1,3-丙磺酸内酯进行季胺化反应制备两性离子型二元醇，然后将两性离子型二元醇和二元酸进行酯化反应制备出两性离子型聚酯二元醇。以此为原料制备水性聚氨酯，可将两性离子亲水性基团引入到聚氨酯的嵌段当中，提高水性聚氨酯的耐水性、固含量及其稳定性和其他综合性能。本发明合成方法简单，产品无毒性，生产和使用过程中污染少，在水性聚氨酯行业中有着广泛的应用前景。