本发明属于基因工程及生殖医学领域，公开了一种与临床原因不明的NOA辅助诊断相关的低频SNV标志物及其应用。该标志物为rs2294228、rs2180233、rs41360247、rs895497、rs6806528、rs3130785、rs117524265、rs9369640、rs34902660、rs2298090、rs13194053、rs11965377、rs3893259、rs9261588、rs1264429、rs2523480、rs2524276、rs2255221等32个低频SNV的组合。该标志物可用于制备临床原因不明的非梗阻性无精子症辅助诊断试剂盒。