本发明涉及材料制备领域，公开了一种有机阳离子改性纺织纤维的制备方法及应用。本发明以棉纤维纺织品为载体，首先将叔胺类、叔膦类和吡啶类有机阳离子前置体加入到水中并加入等摩尔的环氧氯丙烷，通过有机阳离子前置体和环氧氯丙烷之间的季铵化反应形成含有活性环氧基团或二羟基基团的有机阳离子化合物，然后加入醇形成溶液，最后通过浸渍-干燥-活化工艺将有机阳离子化合物接枝到棉纤维纺织品的表面，从而获得有机阳离子改性棉纤维纺织品。本发明所采用的工艺避免了在接枝之前合成硅氧烷季铵盐，具有制备工艺简单、成本低廉、易于工业化生产等特点，其制备的有机阳离子改性棉纤维纺织品可在抗菌纺织品等方面得到广泛的应用。