本发明公开了一种遥控数据处理方法及系统，通过旧主站依据接收到的来自模拟子站的第一操作指令请求命令和预先设定的遥控操作顺序表生成第一操作指令；新投运主站依据接收到的来自所述模拟子站的第二操作指令请求命令和所述预先设定的遥控操作顺序表生成第二操作指令；所述模拟子站保存接收到的第一操作指令为第一通信报文，及，保存接收到的第二操作指令为第二通信报文；验证单元比对解析第一通信报文得到的第一遥控操作信息和解析第二通信报文得到的第二遥控操作信息并得到比对结果，及，依据所述比对结果生成并输出相应的验证结果报告，实现了提高主站升级效率，及，提高遥控调度权转移的正确性，进而提高电网系统安全性的目的。