本发明公开了一种用于智能变电站合并单元的守时误差检测方法，步骤包括：通过标准时钟源向被测合并单元输出光IRIG-B码并计时，获取被测合并单元输出的每一帧0标号报文的第一个比特时间与光IRIG-B码秒沿之间的时间偏移的最小值；拔掉被测合并单元的光IRIG-B码输入并开始计时，获取被测合并单元输出的每一帧0标号报文的第一个比特时间与光IRIG-B码秒沿之间的时间偏移的最大值；将前述的最大值减去最小值得到被测合并单元的守时误差。本发明直接测量报文的守时误差，所测结果更能反映合并单元守时误差对报文接收IED设备的影响，且具有守时误差检测准确性高、检测方便快捷、应用范围广的优点。