本发明涉及一种肽质谱峰特征参数提取方法。现有方法针对在肽段质谱图中形成谱峰的各样点其分布存在较大偏差时，存在难以保证所提取出的质谱峰特征参数精准度的不足。本发明提出基于非线性拟合方式的肽质谱峰特征参数提取方法，利用多个样点数据，以实际数据与拟合结果之间差值最小为导向，采用迭代方法不断更新特征参数估计值，直至满足收敛条件，从而获得最终特征参数估值。该方法可有效减少样点分布偏差对高斯曲线特征参数求解带来的不利影响，提高特征参数数值精准度，进而有利于肽段鉴定精度的改善。