一种基于双通道的民航地空通信持续干扰抑制方法及系统，包括：将通过双天线阵列接收的两路甚高频信号转化为中频数字信号；对模数转换后的两路数字信号进行滤波抽取；对滤波抽取后的信号进行正交变换，将实信号变为复信号；将变换后的复信号送入监视模块进行判断，判断信号中是否仅有干扰，若仅有干扰则将仅有干扰的复信号送入加权矢量计算模块进行自适应加权矢量计算；否则使用自适应加权矢量计算得到的加权矢量对变换后的复信号进行波束形成；对干扰抑制后的信号进行解调，再经低通滤波器滤除高频杂波，最后进行D/A转换输出清晰的音频信号。本发明对干扰无恒模特性的要求，避免了恒模阵列误捕获以及避免误捕获而带来的运算复杂问题。