本发明涉及一种热压垂熔法制备纳米纤维基复合滤膜的方法，包括：配制功能高分子纺丝溶液进行静电纺丝，将获得的纳米纤维无纺布作为复合滤膜的支撑层；将另一种功能高分子配制成溶液，通过静电喷雾法喷涂在上述无纺布基膜表面作为复合膜的阻隔层；对复合膜的阻隔层采用给予适当的温度、压力以及热压时间的热压垂熔方法来获得完整的阻隔层，最后对阻隔层进行后处理制得所需的纳米纤维基分离复合膜。本发明提供一种简单易行的制备复合滤膜的方法，可以方便且精确的控制功能阻隔层的厚度及均匀性，容易实现规模化生产；所得到的纳米纤维基复合膜在超滤、纳滤、反渗透等领域具有广阔的前景。