本发明提供了一种纳米结构的引导组装方法，包括以下步骤：在具有图案的基材上涂覆包含嵌段共聚物的材料，所述嵌段共聚物包含能形成立体复合物的嵌段；诱导所述嵌段共聚物在基材上相分离得到垂直于基底、贯穿整个薄膜厚度的纳米结构，形成纳米结构的图形。由于所述嵌段共聚物包含可生成立体复合物的嵌段，能够使两嵌段共聚物表现出三嵌段共聚物的特性，在图案周期比聚合物相分离周期大90％的化学图案上依然排列形成无缺陷的纳米结构，从而便于后续复杂图案的制备。在本发明提供的方法中，使用包含能够形成立体复合物的嵌段的两嵌段共聚物时，无需加入均聚物即可获得相区区域拉伸程度较大的纳米结构，并且无缺陷。