本发明涉及提供一类含苯肼叉间二酮类化合物在蓝藻生长抑制中的应用。含苯肼叉间二酮类化合物结构如通式Ⅰ所示：通式Ⅰ中R1代表羟基；R2，R3，R4代表氢、硝基、羧基或者磺酸基；R2，R3，R4代表的取代基相同或者不相同；R5、R6代表甲基、三氟甲基或者乙氧基；R5、R6代表的取代基相同或者不同。通式I所述结构的含苯肼叉间二羰基类化合物对蓝藻果糖-1,6-二磷酸醛缩酶具有较好的抑制效果，可用于蓝藻果糖-1,6-二磷酸醛缩酶活性的抑制；对蓝藻有较好的抑制作用，可作为杀藻剂的有效成份。