本发明涉及一种浅海双频可控源电磁勘探方法，根据任务在测区布设测线、测点、并记录位置，确定m组发射频率，合成发射用双频电磁波，电性源在测量船的拖拽下沿测线正上方的固定深度上匀速移动，发射机每隔L距离激发一次双频电磁波，记录发射机每次激发的开始时间、电性源的信息S和海水信息Q；根据海底电磁响应和对应的低频fkl进行反演解释得到海底电性结构。与现有技术相比，有效压制海洋探测中空气波的影响，提高了海底电磁响应的信噪比。突出了海底异常，提高了海洋电磁勘探的分辨率。增加了对海底介质电性结构的探测能力。具有实用高效、高灵敏度的特点，具有良好的适用性。提高了海洋电磁勘探的工作效率。