本发明提供一种基于时频电磁的自适应遗传模拟退火反演方法及系统，所述方法包括：根据时频电磁的发射频率范围以及分量类型获取反演数据；获取预先设定的反演层数、初始温度、初始步长、最大循环次数；根据所述的反演层数、反演数据确定多个个体模型；对所述的个体模型进行遗传算法运算生成个体新模型；根据所述的初始步长对所述的个体新模型强制进行退火运算生成预测模型；确定所述预测模型与所述个体新模型之间的拟合误差；根据所述的拟合误差判定所述的预测模型是否符合退火标准。提高了反演时频电磁数据的收敛速度和稳定性。