本发明提供一种变电站备自投控制系统和方法，系统包括多个变电站系统，还包括变电站备自投控制主站，所述变电站备自投控制主站分别与多个变电站系统通信连接，用于实时监测各个变电站系统的运行数据；当多个变电站系统中的至少一个变电站系统的供电能力不足时，变电站备自投控制主站依据监测得到的当前各个变电站系统的运行数据，控制各个变电站系统中的备自投进行投入或退出动作。因此，本发明将多个变电站系统分别与变电站备自投控制主站通信连接，形成基于局部电网供电能力的变电站备自投控制系统，利用本发明可以实现该局部电网内所有变电站系统中的备自投的智能控制投入或退出，本发明综合考虑了电网的承受能力，提高了电网供电的可靠性。