本发明涉及一种净化水域面源污染的系统及方法，所述系统包括沿路面至水域的第一方向依次设置的初级净化单元、慢滤池单元、深度净化单元以及生物净化单元。本发明融入了道路景观设计理念，形成了适用于不同环境、地域条件的路面径流生态处理系统，使得本发明能够在源头有效地去除径流中的污染物，并且最大程度地减少和降低道路开发对于周围生态环境的影响，从而在有效控制雨水冲刷路面带来的污染物对受纳水体污染的同时，改善道路景观效果。本发明适用于河湖面源污染防治，特别是城市及城郊水体径流污染治理。