本发明公开了一种转基因水稻种子及其亲本的快速检测方法及专用装置，该方法包括以下步骤：采用拉曼光谱装置获取转基因水稻种子及其亲本在200‑3400cm‑1波数范围内的拉曼光谱散射特征曲线，采用核主成分分析法获取核主成分，将核主成分作为大间隔最近邻居算法的输入变量，在核空间中实现转基因水稻种子样本的鉴定。本发明方法与现有主流的基于细胞学方法及DNA化学检测方法相比，其显著优势在于其检测过程简单，检测效率高，不会造成环境污染，大大降低了检测成本。建立的转基因水稻种子及其亲本的快速检测模型识别精度达到86%，识别精度高，因此具有良好的应用前景和可观的市场价值。