本发明提供了一种基于SoPC芯片的功能性测试系统及其测试方法，该系统包括串行通信接口测试模块、I2C测试模块、中断处理测试模块、定时器测试模块、计数器测试模块、总线测试模块、模拟开关/ADC测试模块、GPIO测试模块、FPGA配置模块、通信模块和测试控制模块；本发明的自动化测试方法在同一个测试系统中，按照测试需求在一个测试程序中完成SoPC芯片的各个功能模块的测试，避免了传统测试方法中对同一个SoPC芯片不同功能进行测试时，针对各测试项目返回进行编译，可有效缩短测试时间，并降低测试难度和测试操作复杂度。