本发明公开了一种全生物降解复合材料及其制备方法和应用，包括组分：无机填料全生物降解母粒 5～40份，生物降解共聚酯40～80份，聚乳酸10～40份，相容剂0.1～5份，所述的无机填料全生物降解母粒，包含组分：生物降解共聚酯20～80份，无机填料20～80份，润滑剂0.1～10 份，相容剂0.1～5 份，其中，所述无机填料为改性高岭土、改性白炭黑或改性蒙脱土中的一种或其组合。本发明通过添加改性蒙脱土、改性高岭土或改性白炭黑作为增强剂及引入环氧类丙烯酸共聚物作为相容剂，增加了无机填料与基体树脂的相容性，分散均匀，将该母粒添加到基体树脂中，可有效改善共混物薄膜和片材撕裂强度较低的问题。