本发明公开了从红肉桃中分离提纯花色素苷的方法，将红肉桃果实粉末，用体积比乙醇：水：甲酸：三氟乙酸=70:27:2:1的混合溶液为浸提剂浸提，依次经大孔树脂Amberlite XAD-7、葡聚糖凝胶SepHadex LH-20、大孔树脂SP700吸附洗脱纯化，真空浓缩后上反相C18色谱柱，根据所得的色谱图收集含红肉桃果肉中主导花色素苷组分的洗脱液，真空浓缩干燥得到花色素苷。本发明方法采用乙醇:水:甲酸:三氟乙酸浸提，依次经大孔树脂Amberlite XAD-7、葡聚糖凝胶SepHadex LH-20、大孔树脂SP700吸附洗脱；再利用高效液相色谱表征和收集，并浓缩，可得到纯度高达92.7%的矢车菊素 3-葡萄糖苷。本发明方法能有效分离提纯红肉桃果肉内的花色素苷，得到高纯度花色素苷单体，能较好地满足各种功能食品、保健品、药品添加剂的需求。