本发明公开了一种脂肪族可生物降解热塑性聚酯弹性体及其制备方法，涉及一种在高分子主链上形成羧酸酯键的反应制得的嵌段高分子聚合物，解决现有技术中热塑性聚酯弹性体生物降解能力差的问题，为由预聚物A和预聚物B聚合而成的AB型嵌段共聚物，数均分子量为20,000～150,000g/mol，分子量分布为1.5～5；预聚物A为结晶型聚酯预聚物，结晶度为30％～95％，数均分子量为1,000～6,000g/mol；预聚物B为非晶型聚酯预聚物，数均分子量为1,000～8,000g/mol；预聚物A质量占可生物降解热塑性聚酯弹性体质量的10～50％，预聚物B质量占可生物降解热塑性聚酯弹性体质量的50～90％。预聚物A和预聚物B由生物基单体制备，本发明制备工艺简单，具有优异的可生物降解性能。