本发明公开了一种多城公共自行车租赁系统及其租赁方法，系统包括总控中心、多个和总控中心通信连接的城市分控中心；每个城市分控中心通信控制多个站点控制器；每个站点控制器控制该站点的多个锁车器；所述总控中心包括用于与各城市分控中心通信的总控通信模块、存放有本系统各城市分控中心的联网数据的总控数据库、以及用于接收分析各城市分控中心传输的数据并向各城市分控中心发送指令的总控控制模块；所述总控通信模块和总控数据库与总控控制模块双向连接。本发明设置位于各城市分控中心上级的总控中心，用于各城市分控中心之间数据的协调转发、判断和分析，由此即可将原本分散独立的各城市网点融合在一起，实现异地租赁。