本发明公开了一种正反向隔离装置闭环控制系统及控制方法，系统包括：数据通信模块、报文分割模块、工程维护模块，其中数据通信模块组织了正向数据通道的业务数据、正向心跳报文和反向数据通道的业务数据E文件、反向心跳文件，报文分割模块确保TCP长连接数据收发方式下不产生粘包，工程维护模块使得维护工程师仅需在正反向隔离装置某一端定位通信问题。本发明克服了正反向隔离装置的业务数据传输被堵塞时无法快速定位装置宕机或数据传输通道原因，同时，针对该强安全通信模型的应用特点，解决了跨正反向隔离装置两端维护困难的问题。