本发明公布了一种控制PCB板钻孔定位精度的方法，属于PCB板钻孔加工领域。所述的控制PCB板钻孔定位精度的方法包括：在PCB板上的非布线位置钻出一系列等大的标记孔形成检查模块图形；重新定位PCB板在钻孔机上的位置，将钻头调整至设定的检查模块图形中心位置钻出对比孔；检测对比孔是否位于检查模块图形的中心位置；调整或保持PCB板的位置，使钻出的对比孔位于检查模块图形的中心，再根据第二钻孔设定的位置坐标在PCB板上钻出第二钻孔。本发明的技术方案可避免PCB板上两种或多种不同定位钻孔因制作过程中产生的涨缩、加工方式不同或分开制作等因素造成的偏孔问题；可减少现有技术中多套定位方式产生钻孔偏位的板流入到下工序，以致人工、物料成本的浪费。