本发明公开了一种已建酸性废水调节库的阶梯泵站式排水系统及工艺，主坝体向库内的一侧由内至外依次设置有第一级平台和第二级平台，主坝体、第一级平台或第二级平台的顶面均据对应水位安装有自吸泵。在已建酸性废水调节库主坝体上设置自吸泵，将库内水位排至第一排水位；在紧邻主坝体处堆筑；中间设置有隔层，隔层布置有土工格栅；将库内的水位排至第二排水位，在库区紧邻第一级平台处再堆筑形成第二级平台，用第二级平台上的自吸泵将库内水位排至第三排水位，以将库内水排至库底面。本发明可以在不破坏已建酸性废水调节库防渗设施的条件下施工，大部分在岸上施工，水下施工较少，施工安全性较高。