本发明属于复合材料领域，公开了一种自乳化环氧基导热防水复合材料及其制法与应用。所述复合材料由15～50wt％的环氧树脂‑改性胺预混合液和85～50wt％的导热填料‑水悬浮液组分通过自乳化制备而成的；所述环氧树脂‑改性胺预混合液是由100重量份环氧树脂和40～100重量份改性胺类固化剂制备而成；所述改性胺类固化剂为树枝状整代聚酰胺‑胺或采用聚氧乙烯聚醚型聚合物改性的胺类固化剂。本发明自乳化工艺简便、环保，所述复合材料具有闭孔结构和优异的防水抗渗性及良好的韧性与较高的强度，具有广阔的应用前景。