本发明涉及一种褐潮藻种检测方法，包括以下步骤：1)设计并合成特异性引物AanF和AanR和探针Aa n  probe，Aan F的 序 列为AAAGCTCGTAGTTGGATTCCTGG，AanR的序列为GTGTTCAACGCAGGCTTACG，探针Aan probe的序列为CTTGCGATGGTCTATCCT；2)选择标准品藻株，并构建重组质粒标准品；3)构建标准曲线；4)引物AanF、引物AanR、探针Aan probe特异性验证；5)样品检测与结果分析。本发明所述的检测方法可以用于褐潮藻种的定性、定量检测，具有灵敏度高、重现性好、连续可测、操作简便、易于控制、分析时间短等优点。