本发明提供一种异构数据库的同步方法和应用系统。部署在源数据库侧的同步处理器可以周期性地轮询同步变化表中记录的变化数据，将变化数据封装成数据流发送给部署在目标数据库侧的同步解析器。同步解析器在对该数据流进行解封装之后，可以根据预设的映射文件将源数据表中的变化数据映射为目标数据库中的目标数据表的数据结构，并根据变化数据中的变化类型值进行目标数据表的数据同步，进而可以完成异构数据库之间的数据同步。本发明，无需对现有异构数据库进行改变，只需要在同步解析器上部署不同的映射文件即可实现异构数据库之间的数据同步，实现简单，且易于扩展。